Los laboratorios son una parte imprescindible del centro con una doble función: la realización de ensayos derivados de los proyectos de investigación y el servicio analítico, principalmente a las plantas de sustrato. Está dividido en distintos departamentos:

• Laboratorio físico-químico: dotado del equipamiento necesario para la realización de análisis de parámetros de calidad de materias primas y compost así como de preparación de muestras (destiladores, digestores, balanzas, extractor de fibras, digestor microondas, campanas, estufas, molino, etc) y especialmente está equipado con un espectrofotómetro de infrarrojo cercano (NIR), equipo para el que el propio centro ha desarrollado los modelos de calibración y con el que, actualmente se están realizando las analíticas de sustrato de champiñón, gallinaza y setas.
• Laboratorio de espectroscopia.- destinado a la investigación, cuenta con espectrofotómetro de absorción atómica con cámara de grafito y llama con generación de hidruros. Así como con un espectrofotómetro ultravioleta visible y un equipo HPLC semipreparativa.
• Laboratorio de microbiología.- equipado con el equipamiento básico de microbiología: cabina de flujo laminar, estufas, microscopio y lupa estereoscópica para la realización de análisis de rutina.

EQUIPAMIENTO SINGULAR

El Gobierno de La Rioja, a través de la Consejería de Agricultura, Ganadería y Medio ambiente ha dotado al CTICH  de nuevo equipamiento encaminado a que el centro continúe desarrollando sus actividades en el ámbito de la I+D+i, con una mejora integral del equipamiento existente que permita disponer de los medios adecuados para adaptarse a las necesidades actuales en el ámbito de la investigación e innovación en el sector de hongos cultivados.

Específicamente los equipos son: Sistema NIR infrarrojo cercano para el análisis multiparamétrico del contenido composicional de materias primas y productos terminados. Destilador de Nitrógeno Kjeldahl. Sistema de Ultrasecuenciación de DNA. Microscopio para trabajos de rutina e investigación. Microscopio estereoscópico triocular. Sistema de extracción por fluidos supercríticos. Biorreactor y Concentrador de muestras.

Estos equipos están cofinanciados al 50% con cargo a las ayudas del Fondo Europeo de Desarrollo Regional, otorgadas a la Comunidad Autónoma de La Rioja, dentro del Programa Operativo FEDER de La Rioja 2014-2020.